Bei dem genetischen Fingerabdruck eines Menschen handelt es sich um das Muster der genetischen Variationen im Erbgut (der DNA) einer Person, das zu gleichen Teilen von beiden Eltern geerbt wird. Wie beim üblichen Fingerabdruck gibt es dieses Muster nur einmal auf der Welt und es lässt sich damit die Identität einer Person genau feststellen. Außerdem kann man die Abstammung eines Menschen ermitteln, was für die DNA-Genealogie interessant ist. Dabei wird bei einer bestimmten Person eindeutig seine Abstammungslinie festgestellt. Egal welche Generation, tragen sämtliche Personen einer Abstammungslinie das gleiche genetische Muster in sich. Bei heute lebenden Leuten kann durch Vergleich dieser genetischen Muster eine gemeinsame Abstammung festgestellt werden. Die Vererbung der spezifische Merkmale ist stets dem jeweiligen Geschlecht zugeordnet. Bei den direkten Vorfahren kann man die Vaterlinie von den Söhnen, Vater, Vater vom Vater, etc. und die Mutterlinie von den Töchtern, Mutter, Mutter der Mutter, etc. zurückverfolgen.
Im Erbgut der y-chromosomalen DNA kommen Abschnitte mit einem kurzen, sich jeweils tandemartig wiederholenden Sequenzmotiv vor, das auch „repeat“ genannt wird. Diese Sequenzmotive sind zwischen 2 und 5 Basenpaaren kurz. Entsprechend werden die auf dem Y-Chromosom lokalisierten Wiederholungsabschnitte auch „Y-STR“ genannt (für englisch: Y-Chromosomen Short Tandem Repeats). Inzwischen sind Hunderte verschiedene Y-STRs bekannt. Jede einzelne Y-STR kommt in diversen Varianten vor, die seine Verwendung als „Marker“ mit hohem Wiedererkennungswert erlauben, insbesondere durch Kombination von mehreren STRs.
Verschiedene Varianten (Polymorphismen) einer chromosomalen Stelle (Genort, Locus) werden Allele genannt. Die Allele werden jeweils der Größe nach durchnummeriert. Für den Genort „DYS 19“ (DNA Y-Chromsomen Segment) bedeutet Allel 8 eine 8-fache Wiederholung der repetitiven (4er-) DNA-Sequenz (TAGA), wobei z. B. für diesen Genort 7-19 Wiederholungen bekannt sind (also Allel 7-19). Durch das Zusammenstellen der Allele von mehreren variablen Genorten (auch Marker, DYS) einer Person, erhält man deren Genotyp (genauer: Haplotyp = auf einem Chromosomen linear angeordnete Allelkombination).
Das Y-chromosomale Erbgut zeigt, bedingt durch die lange Zeitspanne, seit sich die Menschheit vor etwa 150.000 Jahren in Ost-Afrika entwickelte, ausreichend viele Variationen, so dass sich mit den heutigen Sequenzunterschieden Abstammungslinien bestimmen lassen. Variationen entstehen durch hohe Mutationsraten, Für die Genealogie geeignete Mutationsraten dürfen also weder zu klein (wegen der Variabilität) noch zu groß sein (wegen konstanter Abstammungslinien).